| 順位 | 選手名 | 所属名 | レーン | タイム | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 塩 畑 伶 | 勝山中学校 | OUT | 00:42.93 | |
| 2 | 内 藤 博 樹 | 山中湖中学校 | IN | 00:43.85 | |
| 3 | 高 村 卓 弥 | 山中湖中学校 | OUT | 00:46.09 | |
| 4 | 高 村 拓 磨 | 山中湖中学校 | IN | 00:50.09 | |
| 5 | 佐 藤 大 樹 | 山中湖中学校 | OUT | 00:56.13 | |
| 6 | 若 尾 茂 幸 | 小淵沢中学校 | IN | 01:00.37 | |
| 7 | 渡 辺 真 実 | 河口湖南中学校 | OUT | 01:14.73 | |
| 8 | 内 田 萬 | 泉中学校 | IN | 01:18.50 |