| 順位 | 選手名 | 所属名 | レーン | タイム | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 道 下 雅 史 | 専修大学 | IN | 04:17.64 | |
| 2 | 荒 倫 宏 | 専修大学 | OUT | 04:20.34 | |
| 3 | 深 萱 隆 司 | 信州大学 | IN | 04:24.67 | |
| 4 | 今 野 陽 太 | 専修大学 | IN | 04:26.55 | |
| 5 | 土 屋 直 人 | 山梨学院大学 | OUT | 04:26.73 | |
| 6 | 斉 川 史 徳 | 信州大学 | IN | 04:27.16 | |
| 7 | 笠 井 力 | 山梨学院大学 | OUT | 05:10.96 | |
| 8 | 渡 辺 拓 磨 | 筑波大学 | IN | 05:17.14 | |
| 9 | 大 古 祐 一 | 都留文科大学 | OUT | 05:38.80 | |
| 10 | 姫 田 哲 平 | 都留文科大学 | OUT | 05:39.41 | |
| 11 | 山 本 達 也 | 都留文科大学 | IN | 05:44.27 | |
| − | 高 橋 丈 博 | 山梨学院大学 | OUT | WD |